Basándose en el libro bíblico del Apocalipsis de San .Juan, el monje de Fiore predijo el comienzo del apocalipsis en el año 1260.
Preconizaba la llegada de una nueva era espiritual para el mundo, liderada por un varón que reuniría el poder espiritual y el político. Sus profecías inspiraron la Apocalypsis Nova. La obra nunca llegó a imprimirse. Es fundamental para comprender las pinturas de Rafael.
Experimentó una serie de trances y éxtasis después de una visita al monte Tabor. Desarrolló la spiritualis intelligentia que combina razón y fe. Hablaba de un un Papa Angélico que uniría el poder material y el espiritual. A ese papa le seguiría el llamado reino milenario.
"llegará también el tiempo de "la restitución de todas las cosas", que seguirá a la ruina y a la gran tribulación, en la que aún los escogidos caeran en el error; es también el tiempo de "la última paz", en que se cumplirá la profecía de Ezequiel, se reedificará la Ciudad como en el principio..."
" Cuando Babilonia haya sido derribada y haya sido "arrojada la bestia que sube del abismo", sólo después de lo cual se dará la paz."
Profetizó "El Fin de la Cristiandad" y el desplome de la Autoridad Papal con palabras apocalípticas y terminantes:
"Roma, ciudad privada de toda disciplina cristiana, es el origen de todas las abominaciones de la cristiandad"
Profetizó el fin del Poder Musulmán, la llegada del Anticristo y el fin de la Historia.
En sus profecías auguró que la humanidad estaba destinada a atravesar tres periodos relacionados respectivamente, con las figuras de la Trinidad. El primer periodo, había sido el del Padre y correspondía a la Era anterior a Jesucristo, inspirado por el Antiguo Testamento y la Ley Mosaica. El periodo siguiente era el periodo del Hijo, relacionado con el Nuevo Testamento que abarcaría un periodo de 1300 años, regido por la Iglesia. Este periodo coincidía mas o menos con la época de Joaquín de Fiore, su ocaso marcaría el fin de la Cristiandad. Y bien cierto ge que se trató de una época turbulenta y obscura con rasgos milenaristas, ya que hubieron guerras, epidemias, desastres naturales, secesión económica y se produjo el Cisma de la Iglesia Ortodoxa. Para terminar por 700 años previos al advenimiento de la Era del Espíritu Santo. También predijo que después habrían guerras y catástrofes naturales, abriendo paso a una "Edad de Oro".
Hablaba de tres estadios que devendrían a la tierra en su Evangelio Eterno. En el primer estadio el mundo fue de los esclavos, el segundo de libres y el tercero una verdadera comunidad de amigos. En el primero dominó la Ley, en el segundo la Gracia, en el tercero una profunda ampliación de la Gracia.
Pero lo que verdaderamente quería expresar Joaquín de Fiore, era que solamente en la Tercera Era, la del Espíritu, se realizarían los misterios del Nuevo Testamento. Seria una Edad de Perfección, precedida de catástrofes, que seria de finalidad purificadora, y gracias a ellas los hombres olvidarían el pecado y tomarían un camino recto.
"Pedro desaparecerá ante Juan para que el Reino del Espíritu Santo sea el Reino de los Libres"
